义和团具有朴素的爱国思想，对外国的侵略给中国带来的灾难十分痛恨。他们表示：“最恨和约，误国殃民;上行下效，民冤不伸”还有些义和团组织更希望能使国家从屈辱的境地摆脱出来，如当时的红灯照就宣布要以法术“远赴东洋，索还让地并偿二万万之款”。

与爱国思想相对应，义和团也存在一些排外的思想与举动。这些行为实际上是一个复杂的现象，应当进行实事求是的分析，不能简单化处理。如义和团为抵抗清军镇压或外国侵略军的进攻而在部分地区采取的毁铁路拔电杆的行为，这些举动是基于战争形势的需要，并不存在仇视外国科学技术的问题。但也有一部分义和团不分青红皂白笼统排外。

义和团存在大量的迷信思想，这是由于构成义和团员主体的中国农民在当时缺乏先进的思想武器，只能以落后的迷信思想来解释外国侵略者给中国带来的灾难。

宗教迷信观也是义和团进行宣传鼓动的形式，义和团在“请神”时“以降神召众，号令皆神语。用“升黄表，焚香烟，请来各等众神仙”的形式吸引群众，因而义和团运动中大量充斥着形形色色的迷信思想。