朱祐樘驾崩于乾清宫，年仅36岁。根据史料记载弘治帝病死前乐忠于求丹药长生，大多数人认为弘治帝是食用了含重金属的丹药后中毒而死的。历史上很多皇帝寿命不长，英年早逝似乎是很多君王的命运。

他在弥留之际病重，后召刘健、李东阳、谢迁等入乾清宫接受顾命，命传位于皇太子朱厚照，让大臣们好好辅佐他。并叮嘱诸卿说：“太子人很聪明，但是年龄还小，又好逸乐，诸卿要好好对他，使他担当起大任，朕死也瞑目了。”在给后人嘱咐完了之后，便离世。

历史上的弘治皇帝朱祐樘勤谨一生，处处以人为本，他的很多政策让当时的大臣们称赞。他将四品以上官员名单贴在宫内文华殿壁墙上，平时熟记，做到心中有数，意在掌握官员动态，不受蒙蔽。是明朝中叶很贤能的皇帝，在位期间被称之为宏志中兴。

最后朱祐樘给太子朱厚照的最后嘱咐是“任用贤臣”。虽然朱厚照继位后个性张扬，但还是很有作为的。虽然后人对他的评价褒贬不一，但每一个君王都不是完美的，我们应该多方面评价。