柯南绯色篇是从832集开始，柯南的真实身份是高中生侦探工藤新一，人称“平成年代的福尔摩斯”和“日本警察的救世主”，因试图跟踪黑衣组织成员被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体缩小成一年级小学生的模样。

之后柯南寻求阿笠博士的帮助，在被青梅竹马毛利兰询问自己名字时，化名为江户川柯南，在阿笠博士的提议下，寄住于小兰的父亲毛利小五郎家中，解决各种案件的同时秘密调查黑衣组织。

柯南住在小兰家中，希望借助小兰的父亲毛利小五郎侦探的身份追查组织，可是小五郎却是个迷糊侦探。柯南只得借助自己没有减退的推理天份帮助小五郎破案，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，因此阿笠博士为他发明了手表型麻醉枪和领结型变声器等道具。

柯南作为小学生，却有着清晰的头脑和很强的行动力。这引发了小兰的怀疑，好在柯南借助阿笠博士的帮助瞒过了自己的真实身份，此后柯南也曾多次被小兰怀疑身份，但在阿笠博士、灰原哀、服部平次、工藤有希子等得知自己身份的人的帮助下，都成功掩饰过去。