后来自来也配合蛤蟆仙人使用了幻术将佩恩控制住，长门也因此被困，自来也说长门弄错了自己的方向，你也不是传说中的预言之子。随后自来也用大刀将佩恩的肚子切开了口子，以为这样就结束了，没想到后面又出现了另一个佩恩，将自己的手臂打断。

之后自来也明白了佩恩的秘密，刚要说出来，喉咙被捏碎，身体被金属棒贯穿，自来也临死前想到了鸣人的意志，蛤蟆仙人跳到他面前，自来也用最后的力气写下了暗号，随后尸沉大海。