柯南知道波本是黑衣组织的时候是在第753话“漆黑列车”篇章，这一篇章结束后，波本就在网球事件中出现了，那时候柯南还认为波本是反派，也不敢用麻醉针射毛利小五郎。柯南直到怀疑波本身份的时候是在第824话中，当时一个小孩在等电梯，他倒计时说到“零”的时候，波本这边下意识的回了头，柯南对此产生了疑心。

柯南真正揭开波本秘密是在“绯色篇章”中，在这一系列里面，柯南通过“零”推理出了波本是公安的人，也就是说安室透就是公安派去组织的卧底，但至于为什么他和赤井秀一关系不和，柯南也不是很清楚了。