上条当麻失去记忆的时候是在《魔法禁书目录》第一季的第6话中，在这一集里，当麻为了保护茵蒂克丝选择了失去自己的记忆。

茵蒂克丝因为每年都要消除一次记忆，当麻和茵蒂克丝虽然相处的时间不长，但是当麻对她很关心，并不想失去茵蒂克丝，所以在这次事件中，当麻用幻想杀手的能力消除了茵蒂克丝的头脑障碍，茵蒂克丝因此并没有失忆，但是当麻却损失了之前的记忆。

也就是说，在后续的剧情中，当麻的所有熟人，包括同班同学、小萌老师、御坂美琴他都记不起来了，茵蒂克丝也记不起来了。住院的时候，他看到茵蒂克丝有种莫名的温馨，所以欺骗了她，自己并没有失忆，其实当麻已经记不清茵蒂克丝是谁了。