巨齿鲨灭绝的原因至今还不是很清楚，只能通过各种事例来进行推测，目前最准确的推测就是因缺乏食物而灭绝。

巨齿鲨生活在距今1000万年以前，是海洋霸主的存在，几乎没有天敌，经常吃的食物有鲸鱼、海豚等各种大型哺乳动物，后来随着时间的变化，大约在150万年前，水质和水温发生改变，鲸鱼逐渐消失，许多海洋动物迁徙，只留下了小型动物。

巨齿鲨的胃口很大，只是小鱼小虾显然不能满足胃口，随后就因为食物的短缺而灭绝。不过也有一部分巨齿鲨为了适应海洋的活动，体型变得越来越小，和现在大白鲨的体长差不多。