自来也死的时候是在第353话“自来也豪杰物语”中，在这一集里，自来也被自己的徒弟长门所杀。

长门利用轮回眼制造出了佩恩六道，自来也为了调查晓组织的秘密来到了雨忍村，调查中发现自己的徒弟长门就是晓组织的首领，决定打败他，但是佩恩的能力很强，自来也不清楚敌人的能力，一直处于下风。

后来自来也配合蛤蟆仙人使用了幻术将佩恩控制住，长门也因此被困，一番说教后，自来也用大刀将佩恩的肚子切开了口子，以为这样就结束了，没想到后面又出现了另一个佩恩，将自己的手臂打断。

之后自来也明白了佩恩的秘密，刚要说出来，喉咙被捏碎，身体被金属棒贯穿，留下暗号后，身体下沉到了大海中。