灰原哀第一次出现是在129话“来自黑衣组织的神秘女子”中，这一集是特别篇，一共时长超过一个小时，柯南班级来了个转校生，随后发生了一起杀人案并结识了灰原哀。

灰原哀是以一年级的学生身份出现的，她实际年龄比新一大一岁，先是少年侦探团遇到了一起案件，这次案件是四五个人贩卖假艺术品，解决了后，灰原告诉了柯南自己身份是组织的人，代号雪莉。

最后两人解决了另一起杀人案后，灰原因为没有去处只能留在博士家里，和柯南一起上学，也成了柯南最重要的搭档伙伴。