神奇宝贝一共有五部，这五部都是小智一行人的故事。

成都联盟的故事结束后，小霞因为要和姐姐在一起创建了训练道馆，而小刚也开始进行修炼，三人不得不单独行动，随后小智遇到了新的朋友。

随后小智遇到了小瑶和小茂等人，故事也是经历了很多，华丽大赛也成了一大特色。

到了超级篇章后，小智和皮卡丘来到了合众的地方，这里有很多更稀有的神奇宝贝，正当这时，小智很幸福，马上选择踏入这里收集新的神奇宝贝，因为之前的已经不在自己身上了。

最后到了XY篇章，小智为了成为神奇宝贝大师，和皮卡丘来到了一个名叫卡洛斯的地方，随后怀揣着梦想和爱丽斯该别，在这里小智认识了希特隆等更多的小伙伴。