数码宝贝目前为止一共有六部，其中前两部作品是联系在一起的。

第一部讲述了八神太一、石田大和、武之内素娜等八位孩子闯入了数码宝贝的世界，随后展开了大冒险，打败了黑暗四天王后，让数码世界恢复了和平。

第二部是第一部的续集，被选召的孩子们冒险之后的故事，三年后，出现了另外一些孩子，他们将进入数码世界，这一次改成了装甲进化，大辅是第二部的主角。

第三部是驯兽师，在现实世界中，数码宝贝们是电子游戏的存在，可以进行召唤，启人和基尔兽是主角，不过基尔兽并不是真实存在的数码宝贝，他只是启人创造出来的。

第四部是无限地带，这一次和之前有很大的不同，拓野等人来到了数码宝贝世界，必须要打败基路比兽，数码世界并没有和现实世界相联系，而且这次的进化是人和数码宝贝的一次合体。

第五部拯救队，主人公从小学变成了中学，现实世界和数码世界产生关联。

第六部合体战争，这部作品分为多方面，分为普通篇，邪恶的死亡指挥官与七个王国，穿越时空的少年猎人们