将梦幻的睫毛DNA提取出来，制造出念力系最强神奇宝贝超梦，超梦属于人造神奇宝贝，所以说超梦是被克隆出来的。

随后，梦幻在新岛的周围出现，与此同时超梦正在通过本体与克隆体的对战，测试其克隆的初学者宝可梦们的能力。

超梦在摧毁其出生的实验室后，火箭队首领坂木以帮助超梦控制自己的能力为由说服了超梦与自己合作。事实正相反，坂木将超梦当作了武器利用。在摆脱坂木的控制后，超梦质疑自己的存在，并决定向自己的制作者复仇。为了实现目的，超梦邀请了包括电影主角小智在内的数名宝可梦训练家来到自己的岛屿，并计划克隆他们的宝可梦。

在计划成功后，局势愈演愈烈：本体们与克隆体们进行对战来决出高下，超梦自己则同梦幻展开了对决。小智牺牲自己平息了争斗，随后被复活。看到小智为了阻止原生体与复制体的战争被石化，最终被交战双方流下眼泪的模样打动，超梦意识到了不管原生体还是复制体都是实实在在的生命。于是亲自斩断憎恨，将小智等人的记忆抹消后，带领着复制体同伴展开了寻找生息地的旅行。