《西行纪》动画结局是悟空肉身被毁，灵魂被封印起来。动画中，悟空与天界众人大打出手，本来已经是压制性的胜利，但唐三藏为了不再起祸端，在旁边念了紧箍咒导致孙悟空被打败，这一战毁掉了悟空肉身，仅剩下灵魂。

当然《西行纪》动画中的悟空根我们看的《西游记》里面有点不同，《西行纪》中的孙悟空有点惨，实力没有那么强悍，甚至可以说是很弱，而且还是战死了两次，一次是因为唐三藏，还有一次就是实力上的差距，不过悟空无论肉身怎么毁灭，之要灵魂还在的话，他就永远不会真正的消亡。