故事发生在《复仇者联盟4：终局之战》后。当梅婶发现并理解彼得·帕克身为蜘蛛侠的事实后，两人与哈皮·霍根投入斯塔克工业的助贫慈善基金会。

某日，彼得将和他的同学们前往欧洲进行两周的校外教学。因为受到与复仇者联盟合作的影响，彼得想暂时放下“蜘蛛侠”的双面身份，好好地陪伴朋友们参与校外教学。然而好景不常，来自宇宙之外的威胁，再度影响到彼得与同学们的生活。尼克·弗瑞与神盾局得力助手玛丽亚·希尔找上彼得，让他再度换上“蜘蛛侠”服装，并与神秘客合作面对元素众的威胁。