流感病毒变异快的原因是它的遗传物质是RNA，使得不同毒株间基因重组率很高，流感病毒抗原性变异的频率快。其变异主要以两种方式进行：抗原漂移和抗原转变。抗原漂移可引起HA和（或）NA的次要抗原变化，而抗原转变可引起HA和（或）NA的主要抗原变化。

单一位点突变就能改变表面蛋白的结构，因此也改变了它的抗原或免疫学特性，导致产生抗原性的变异体。而当细胞感染两种不同的流感病毒粒子时，病毒的8个基因组片段可以随机互相交换，发生基因重排。