日本《经济新闻》等媒体2012年11月1日报道称，DNA分析证实现代日本人是由日本诸岛的土著居民绳文人和从朝鲜半岛远渡而来的弥生人不断混血传承的。

关于日本人的民族来源，尚无定论。在中国的古代典籍特别是《山海经》中有着若干记载。《山海经》是人类历史上最重要的地理文献典籍之一，它记录了中国及其周边地区的山川地形地貌、物产和民族分布，以及相应的历史故事，涉及的年代包括周朝、商朝、夏朝直至先夏时期（可以追溯到一万年前）。其中周朝文献《海内北经》记有：“盖国在钜燕南，倭北。倭属燕。”《山海经》的其它篇章则记述着中国人多次向东海诸岛屿迁徙的事迹。

学术界通常的说法是，大约从新石器时代日本岛才开始有居民，最早的日本居民是从北方大陆移来的通古斯人，以后有马来人从南方渡海而来，大约从公元前一千纪后半开始，就不断有中国和朝鲜人移居日本。从新石器时代开始到公元前2世纪的日本，考古学上称为绳纹式文化时代，使用石器、骨器，捕猎、捕鱼，居住在竖穴中，出土有女性土偶。