甲午战争后，帝国主义列强在中国掀起了一次割地高潮，中国又一次面临被瓜分亡国的危机。为了救亡图存，康有为、梁启超、谭嗣同，发起了一场变法维新的资产阶级改良运动，他们认为，要救亡，只有学习外国，实现变法维新，而维新，必须从废科举、立学校开始。

1896年6月，刑部左侍郎李端芬在给清廷的《请推广学校折》中，第一次正式提议设立“京师大学”。1898年初，随着变法维新运动日益发展，康有为在《应诏统筹全局折》中再次提出：“自京师立大学，各省立高等中学，各府县立中小学及专门学”。

在康有为、梁启超的推动下，1898年6月，清光绪帝下《明定国是诏》，正式宣布变法，诏书中强调：“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办”。于是由梁启超起草了一份《京师大学堂章程》，课程分普通学科和专门学科两类。这样，京师大学堂不仅成为全国最高学府，而且是全国最高教育行政机关。这个章程是北京大学的第一个章程，也是中国近代高等教育的最早的学制纲要。

1898年7月3日，清光绪帝正式下令，批准设立京师大学堂。