在《三体》里申玉菲并不是三体人，它是地球人。书中描述申玉菲是日籍华裔物理学家，是科学边界和地球三体组织（ETO）拯救派成员。

申玉菲从三体游戏开始了解到三体世界，并加入三体组织，奉三体文明为“主”，她想解决三体世界的三体问题，研究出适合三体世界的万年历，这样就可以同时解救三体和地球两个文明。

但是ETO的降临派和拯救派理念完全不同，他们期望三体文明降临地球，消灭邪恶的人类文明，降临派十分敌视拯救派。为了申玉菲继续研究三体问题，降临派中的潘寒就闯入了申玉菲的别墅，枪杀了她。