三体游戏里出现过2次秦始皇，第一次出现是在三体游戏里的184号文明，秦始皇指挥士兵组成了人列计算机，此时的秦始皇是三体游戏中的NPC；第二次出现时的秦始皇是ETO的领导者。这个ETO的领导者具体是谁，书中并没有确切的说明。

三体文明得知人类思维不透明，有欺骗手段后，觉得ETO可能也是PDC的一个手段，便放弃了ETO。PDC因此能顺利执行古筝计划，以伊文斯为首的ETO降临派都死了，PDC截获ETO和三体文明之间的通信后，利用三体人思维透明的特效，制定了面壁计划。

三体文明得知此事后，决定重新启用了ETO，联络了ETO内残余的一些核心成员。其中秦始皇作为新的ETO领导者，制定了破壁计划。