琉球人的起源目前并没有确切的定论，有说是百越的后代。在《越绝书》中，百越分为“内越”和“外越”两支。秦朝灭亡六国之后，独外越不服，乘船避难于海上。东海外越中的一部分可能到达台湾、琉球和日本九州岛南部，成为台湾原住民、琉球族和大和族的祖先。

另一个说法是琉球族自日本列岛迁入，为日本人的一个分支。在日本僧人所撰的《镇西琉球记》和另一部曲亭马琴所著的日本小说《椿说弓张月》中，提到了日本镇西八郎源为朝在保元之乱后逃往琉球的故事。琉球摄政向象贤所编撰的《中山世鉴》亦称琉球舜天王是源为朝在琉球所生的儿子。