五朵金花比喻中国古代史分期问题、中国封建土地所有制形式问题、中国封建社会农民战争问题、中国资本主义萌芽问题、汉民族形成问题。五朵金花虽然受到政治意识形态的巨大影响并承担了相应的使命，但我们不能因此而否定它们所具有的学术价值。

古史分期问题：“战国封建说”、“西周封建说”和“魏晋封建说”等。关注的是“五种生产方式”理论和社会形态学说是否适用于解释中国历史，并由此说明中国革命与历史的前途问题。

资本主义萌芽问题：主要说明即使没有帝国主义侵略，中国也能发展到资本主义去，即中国历史会按照马克思主义的社会形态理论所规定的路线前进，这一理论具有普世性。

农民战争问题：主要目的是为历史上的造反者翻案，论证农民在当前革命中的地位。

封建土地所有制形式和汉民族形成问题也承担着同样的意识形态使命。