厄尔尼诺形成的原因主要是海域水温升高。根本原因大多科学家认为：一是自然因素。赤道信风、地球自转、地热运动等都可能与其有关；二是人为因素。即由于人类活动加剧，排放出过多的二氧化碳使全球气候变暖，这可能也是赤道暖事件剧增的原因之一。

气象成因

在南美洲西海岸，南太平洋东部，自南向北流动着一条著名的秘鲁寒流。每年的1 0月至次年的3月时值南半球夏季。南半球海域水温普遍升高。向东流动的赤道逆流得到加强，恰逢此时，全球的气压带和风带向南移动，东北信风跨过赤道。受到南半球的自转偏向力作用，向左偏转成西北季风。西北季风不但削弱了秘鲁西海岸的离岸风——东南信风，使秘鲁寒流冷水上泛减弱甚至消失，而且吹拂着水温较高的赤道逆流海水沿秘鲁寒流来的方向逆洋流南下，把秘鲁寒流变性为暖流。这股悄然而至不固定的暖流被称之为厄尔尼诺暖流。通常这位“不速之客”在每年的3月以后，随着南美洲西海岸水温逐渐变冷而随之消失。