锦衣卫全员上下都不是太监，属于武人。锦衣卫的首领指挥使是正三品武官。

而东厂则是由太监掌管，首领是东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。东厂的番子并不是太监，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。

东厂、西厂和锦衣卫是明代在刑部、都察院、大理寺这三个司法机关以外设置的直接听命于皇帝，执掌“诏狱”的特务机构。

由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系 。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。

东厂与锦衣卫共同点是监视、侦查、镇压官吏的不法行为，即“巡查缉捕”。