明朝在位时间最长的是明神宗朱翊钧，就是万历皇帝，在位四十八年，是明朝第十三位皇帝。

明神宗在位前十五年，在首辅兼帝师张居正的领导下明朝一度呈现中兴景象，史称万历中兴，而在位中期亦主持万历三大征，保护藩属，巩固疆土。在张居正死后始亲政，因国本之争等问题而倦于朝政，自此不上朝，国家机器运转近乎停滞，征矿税亦被评为一病。万历年间走向活泼和开放，利玛窦觐见明神宗，开始西学东渐，但同时朝廷内东林党争开始萌芽、塞外又有后金势力虎视眈眈，在其晚年占领了明朝东北大部分地区，使明朝退守山海关，终在气候变迁下，明朝连荒自乱走向灭亡的局面。

民国历史学家白寿彝如此评价万历皇帝朱翊钧：“明神宗在位四十八年，前十年奋发图强，中间十年由勤变懒，最后近三十年“万事不理”。他的主要特征，是贪酒、贪色、贪财而又贪权，始终“魁柄独持”，可谓操权有术，从这一点说，他不是一个庸人之辈。但他又缺乏明太祖、明成祖那样的雄才大略。”