《桃花扇》的故事发生在明代末年（明思宗崇祯末年）。

故事以侯方域、李香君的悲欢离合为主线，展现了明末南京的社会现实。同时也揭露了弘光政权衰亡的原因，歌颂了对国家忠贞不渝的民族英雄和底层百姓，展现了明朝遗民的亡国之痛。

故事讲述了明代才子侯方域来江南创“复社”邂逅秦淮歌妓李香君，两人陷入爱河并赠题诗扇为主线，揭露了魏忠贤的亲信阮大铖陷害侯方域，并强将李香君许配他人的罪行，李香君不从而撞头欲自尽血溅诗扇，侯方域的朋友杨龙友利用血点在扇中画出一树桃花。南明灭亡后，李香君入山出家。扬州陷落后侯方域逃回寻找李香君，最后也出家学道。