北宋时期正式把台湾纳入我国领土，正式设立专门的政权机构是在元朝。

其实早在三国时期，东吴便派人进入了“夷洲”（今台湾）。隋朝隋炀帝曾3次派人到台湾，“访察异俗”，“慰抚”当地居民。在唐宋时期沿海人民为了躲避战乱兵祸，纷纷流入澎湖或迁至台湾。北宋时福建泉州的行政区划包括澎湖及其附属的台湾岛、钓鱼岛及其附属岛屿。

1335年至1340年（元后至元年间），元朝正式在澎湖设“巡检司”，管辖澎湖、台湾民政，隶属福建泉州晋江县（今属泉州）。中国在台湾设立专门政权机构，也自此开始。

在中国古代，台湾曾被称为“夷洲”、“流求”、“琉球”、“东番”等。据古文献记载，中国大陆军民东渡台湾，垦拓、经营台湾岛，最早可追溯到三国时期。230年，三国吴王孙权派1万官兵到达“夷洲”（今台湾），吴人沈莹所著《临海水土志》留下了世界上对台湾最早的记述。