南宋时期，白莲教创立之初供奉的是明王（即阿弥陀佛）和弥勒，在明朝成化时期演变为惟一的神“无生老母”，并宣扬“无生老母”将派遣弥勒佛下凡拯救世人。

南宋绍兴年间（1131年），在吴江淀山湖（今上海市青浦县西）创建净土宗系的新教门，称白莲宗，即后来的白莲教。

白莲教脱胎于佛教的净土宗，相传净土宗始祖东晋释慧远在庐山东林寺与刘遗民等结白莲社共同念佛，后世信徒以为楷模。

白莲教脱胎于白莲宗，白莲宗则起始于白莲社。东晋时慧远在庐山东林寺，和慧永、慧持、刘遗民、雷次宗等一百二十三人，专修念佛法门，发誓愿意往生西方净土，因为掘开水池种白莲花，于是被称为白莲社。

宋朝以后，念佛盛行，各地都有了白莲社组织。参加者之间只是松弛的社友关系，社与社互不相属。茅子元则将其改为师徒传授、宗门相属。他在淀山湖建白莲忏堂，自称导师，坐受众拜；又规定徒众以“普觉妙道”四字命名；从而建立了一个比较定型的教门，称为白莲宗。

在元朝时期，白莲宗以弥勒佛将会来救世的传说，作为号召，动辄宣称弥勒佛下生，起兵造反，开始反抗元朝统治。元武宗至大元年（1308年）至元英宗至治二年（1322年）白莲宗反复被禁。此后该教的僧人渐渐远离“白莲宗”的名号，回归到正统佛教当中，而民间仍在继续流传，并进一步与弥勒教、白云教、明教等相混合，称为白莲教，成为民间秘密宗教。