司马睿是司马懿的曾孙。

族谱顺序：司马懿→司马伷→司马觐→司马睿。西晋时司马睿一支世袭琅琊武王，司马睿十五岁袭封琅邪王。建兴四年（316年）西晋亡，建武元年（317年）司马睿即晋王位，改元建武。太兴元年（318年）即皇帝位，改元太兴。

不过在位才五年，素有野心的王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，直扑石头城（即建康）。弟弟王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。

王敦成功攻入建康后，司马睿遣使者义和。面对皇帝派出的使者，王敦不依不饶。不久，王敦便自己为自己加官进爵，自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事。司马睿皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦做主。

永昌元年闰十一月初十日（323年1月3日），晋元帝忧愤病逝。终年47岁，在位6年。