慈宁宫在明朝时是前代皇贵妃所居，万历年间慈圣李太后、万历帝郑皇贵妃、昭妃等人都曾在此居住过。在清朝时，除了孝庄文皇后在此居住过以后，再也没有人在慈宁宫居住，即便是乾隆的生母孝圣宪皇后，都不敢再次居住，而是在旁边寿康宫居住。

孝庄太后在顺治十年的时候成为大清入住慈宁宫的第一位太后，在孝庄皇太后病逝以后，康熙帝悲痛欲绝，无法释怀，于是将孝庄太后的棺椁停放于慈宁宫。

原本康熙是想要将慈宁宫改成孝庄停灵的享殿，但却遭到了群臣反对，认为这不合规制，于是康熙帝只好作罢。但在康熙帝在位的每一年孝庄忌辰，他都会带领大臣来此祭奠孝庄，也因此，慈宁宫以后没人居住了。

在这之后，慈宁宫虽然不住人，却是为太后举行重大典礼的殿堂，凡遇皇太后圣寿节、上徽号、进册宝、公主下嫁，都会在此处举行庆贺仪式。特别是太后寿辰时，皇帝亲自率众行礼，并与近支皇戚一同彩衣起舞，礼节十分隆重。