1917年8月25日，孙中山召集原国会部分议员在广州开会，提出“护法”，即维护中华民国临时约法。因到会人数不足，故称“非常国会”。会议决定在广州成立军政府，以孙为军政府大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅。孙以大元帅名义通电否认以冯国璋为总统、段祺瑞为国务总理的北京政府，号召北伐。北京政府因此下令通缉孙中山等人。

1918年5月，非常国会通过《修正军政府组织法》，准备取消大元帅首领制，剥夺孙的职权。孙愤然辞去大元帅职回上海。孙辞职后，广东护法军政府改行7总裁合议制，由非常国会推举岑春煊、孙中山、唐继尧、陆荣廷、伍廷芳、唐绍仪、林葆怿7人为总裁，以岑春煊为主席总裁。孙没有就职。1920年，陈炯明部把桂军驱出广东，孙回广州，在护法旗帜下成立“非常政府”，任“非常大总统”。不久陈炯明勾结北洋军阀和帝国主义发动政变，使孙再次无法在广州立足，护法运动遭到彻底失败。