新疆所在的西域早在汉朝时期就纳入了中国的版图。汉朝初期，当时的中央政府在西域各地开始设置地方政府机构。

自战国时期开始，中原的农耕文明就一直受到来自北方的游牧民族威胁。特别是在发迹于阴山山麓的匈奴崛起后，屡次南下烧杀劫掠。因此，秦赵燕等国不得不修筑长城来抵御匈奴。

在很多人的认知中，匈奴来自于新疆和蒙古地区。但事实上，新疆，也就是当时的西域同样也深受匈奴的迫害。

张骞出使西域开辟丝绸之路，也是希望联合西域的大月氏来夹击匈奴。不过随着汉朝国力日渐强盛，控制了河西走廊。不久后设置了统管西域的机构。从此，新疆地区正式成为了中国领土中的一部分。