《明史》记载，马皇后前后生五子二女：长子懿文太子朱标，次子秦愍王朱樉，三子晋恭王朱棡，四子明成祖朱棣，五子周定王朱橚；以及两个女儿宁国公主、安庆公主。

另外根据明末清初史学家潘柽章在《国史考异》中记载太祖的第四个儿子明成祖朱棣，第五个儿子周定王，也是马皇后所生。

不过现在对于明成祖是否是马皇后的儿子争议很大。部分学者认为成祖朱棣夺了侄子明惠帝朱允炆的皇位，想更一步名正言顺（嫡庶之分），便托称为马皇后所出，这样以嫡子的身份继承为帝便不为过。