国民党中统更侧重于政治和战略层面的任务，军统则更突出于情报和特务行动。

军统直接隶属于军事委员会，是军队编制，工作人员为现役军人，有军装有军衔。而中统由国民党中央党部管理，中统是党务机构，没有军衔，常见的制服是中山装。

中统主要负责打击一切国民党之外的党派，控制社会舆论和思想。而军统则是属于国民党军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。